事情结束后，朱载坖心里很不是滋味，这么多大臣，如此卖力地为徐阶说话，假如国家有难，他们会不会挺身而出，为朕赴汤蹈火呢？裕王府的旧臣也对高拱的离去感到伤心，部分官员对徐阶当年奉承严嵩的事不满，虽然是韬光养晦的政治手段，但这些没怎么经历过官场黑暗的人就是不理解，认为徐阶真的就是那样的人。隆庆皇帝命令中官李用等人分别监管团营，遭到徐阶极力劝阻，认为不妥，此事得罪了宦官。后来南京振武营兵屡次发生哗乱，徐阶命御史将他们遣散，并惩处了为首者，又一次把宦官给得罪了，因为振武营是他们管的。《明史》记载：“阶所持诤，多宫禁事，行者十八九，中官多侧目”；隆庆二年春，朱载坖想要去南海子游玩，徐阶又劝，使皇帝更为恼火，出去玩玩你也管，管得也太宽了吧！当给事中张齐以私人恩怨弹劾徐阶时，徐阶请求退休，隆庆皇帝早就有这个想法，批准了；徐阶从此离开政坛，回老家当起了他的地主。
第二年，张居正与太监李芳合谋，上疏朝廷重新起用高拱。朱载坖与高拱是什么关系，当然同意了。高拱接旨后，在严冬腊月，日夜兼程，回到北京出任大学士，并掌管吏部。许多官员以前与高拱不和，他们支持徐阶，现在徐阶走了，“高汉三”又回来了，有些人特别紧张，这么一位强势的领导，以前又得罪过他，自己肯定不会有好下场了。胡应嘉听说高拱复出，直接吓死了，欧阳一敬也在辞职回家的半路上郁闷而亡。高拱赶紧派人放话，他愿意和大家齐心协力，把各项工作做好，不会搞大规模报复。