事情结束后,朱载坖心里很不是滋味,这么多大臣,如此卖力地为徐阶说话,假如国家有难,他们会不会挺身而出,为朕赴汤蹈火呢?裕王府的旧臣也对高拱的离去感到伤心,部分官员对徐阶当年奉承严嵩的事不满,虽然是韬光养晦的政治手段,但这些没怎么经历过官场黑暗的人就是不理解,认为徐阶真的就是那样的人。隆庆皇帝命令中官李用等人分别监管团营,遭到徐阶极力劝阻,认为不妥,此事得罪了宦官。后来南京振武营兵屡次发生哗乱,徐阶命御史将他们遣散,并惩处了为首者,又一次把宦官给得罪了,因为振武营是他们管的。《明史》记载:“阶所持诤,多宫禁事,行者十八九,中官多侧目”;隆庆二年春,朱载坖想要去南海子游玩,徐阶又劝,使皇帝更为恼火,出去玩玩你也管,管得也太宽了吧!当给事中张齐以私人恩怨弹劾徐阶时,徐阶请求退休,隆庆皇帝早就有这个想法,批准了;徐阶从此离开政坛,回老家当起了他的地主。
第二年,张居正与太监李芳合谋,上疏朝廷重新起用高拱。朱载坖与高拱是什么关系,当然同意了。高拱接旨后,在严冬腊月,日夜兼程,回到北京出任大学士,并掌管吏部。许多官员以前与高拱不和,他们支持徐阶,现在徐阶走了,“高汉三”又回来了,有些人特别紧张,这么一位强势的领导,以前又得罪过他,自己肯定不会有好下场了。胡应嘉听说高拱复出,直接吓死了,欧阳一敬也在辞职回家的半路上郁闷而亡。高拱赶紧派人放话,他愿意和大家齐心协力,把各项工作做好,不会搞大规模报复。