在20世纪80年代教育体制改革的基础上，《中国教育改革和发展纲要》提出进一步深化改革的具体目标和任务，指出进行高等教育体制改革，主要是解决政府与高校、中央与地方、国家教委与中央各业务部门之间的关系，逐步建立政府宏观管理、学校面向社会自主办学的体制；在高校的招生和毕业生就业制度方面，要求改变全部按国家统一计划招生的体制，实行国家任务计划和调节性计划相结合，同时改革学生上大学由国家包下来的做法，逐步实行收费制度，改革高校毕业生“统包统分”和“包当干部”的就业制度，实行少数毕业生由国家安排就业，多数毕业生“自主择业”的就业制度。《中国教育改革和发展纲要》还提出改革对高校的财政拨款机制，逐步建立起以财政拨款为主，其他多渠道筹措教育经费为辅的体制。
1998年的《高等教育法》则明确提出高校具有七个方面的办学自主权。高校拥有了依法自主办学的权利，社会适应性、办学活力增强，教学、科研、社会服务的积极性大大提高。2002年，全国普通高校招生规模达到340万人，毛入学率达到15%以上。2006年，招生规模达到540万人，在学总规模达到2500万人，毛入学率提升到22%。高等教育实现跨越式发展，进入国际公认的大众化发展阶段。