在20世纪80年代教育体制改革的基础上,《中国教育改革和发展纲要》提出进一步深化改革的具体目标和任务,指出进行高等教育体制改革,主要是解决政府与高校、中央与地方、国家教委与中央各业务部门之间的关系,逐步建立政府宏观管理、学校面向社会自主办学的体制;在高校的招生和毕业生就业制度方面,要求改变全部按国家统一计划招生的体制,实行国家任务计划和调节性计划相结合,同时改革学生上大学由国家包下来的做法,逐步实行收费制度,改革高校毕业生“统包统分”和“包当干部”的就业制度,实行少数毕业生由国家安排就业,多数毕业生“自主择业”的就业制度。《中国教育改革和发展纲要》还提出改革对高校的财政拨款机制,逐步建立起以财政拨款为主,其他多渠道筹措教育经费为辅的体制。
1998年的《高等教育法》则明确提出高校具有七个方面的办学自主权。高校拥有了依法自主办学的权利,社会适应性、办学活力增强,教学、科研、社会服务的积极性大大提高。2002年,全国普通高校招生规模达到340万人,毛入学率达到15%以上。2006年,招生规模达到540万人,在学总规模达到2500万人,毛入学率提升到22%。高等教育实现跨越式发展,进入国际公认的大众化发展阶段。