从长远来看，第三方支付企业与银行间还是合作大于竞争。这是因为，一方面，银行仍是我国金融体系中无可代替的主角，尽管第三方支付发展迅速、市场份额也越做越大，但第三方支付对银行的影响还是有限的，一个重要原因是，第三方支付仍要开通银行账户，在第三方支付机构沉淀的资金仍会留在银行体系中。所以，在较长的一段时间内，银行的核心盈利仍来源于存贷款利差收入。
未来，随着利率市场化的推进，第三方支付企业或许会对银行的储蓄业务产生一定挑战，但这并非完全是第三方支付发展的结果，还有一些重要原因，便是金融脱媒和民间金融的快速发展。
另外，第三方支付与银行之间还有巨大的合作空间，比如支付安全问题，还有在跨行支付、跨境支付、移动支付等方面，双方都可以充分合作。再者，我国未来的经济发展方向，是重视国内消费、服务居民，这显然是银行业目前重视不足的地方，而第三方支付企业却高度重视用户体验，恰好可以弥补银行这方面的不足。因此，双方未来若能围绕消费者的需求展开积极探索，必定能开拓出更多合作共赢的领域。
目前，我国第三方支付市场的主体是零售支付体系。我们对比美国的零售支付体系，可以发现，我国的零售支付体系正发生许多根本性的变革，比如，支付工具在从纸币急剧性地转为电子货币；支付过程在经历残酷的技术性变革；支付风险也在发生变化，人们不仅重视支付的便捷性，更加重视支付的安全性；市场结构不断变化，集中程度越来越高，尤其是一些第三方支付巨头占有了较多的市场份额；非银行金融机构越来越多地加入了支付链条等。