磋商请求所针对的成员，应当在收到请求之日起10日内作出答复，并应在收到请求之日起不超过30天的期限内进行磋商。但双方可另行商定进行磋商的时限，不受上述10天和30天的约束。如对方未在10天内作出答复，或未在30天或商定的时间内进行磋商，则请求方可直接开始申请设立专家组。如在收到磋商请求之日起60天内，磋商未能解决争端，则投诉方可以申请设立专家组。也就是说，磋商的最长期限为收到磋商请求之日起60天。但是，如果磋商各方共同认为磋商已不能解决争端，则投诉方可以不必等到60天结束，就可以申请设立专家组。
作为特例，案件涉及紧急问题时，如有关货物是容易腐烂的，各成员应在10天内进行磋商，20天内解决争端，否则就可以申请设立专家组。
值得注意的是，在实践中有些磋商会持续相当长的时间，投诉方完全可以在60天过后继续与对方进行磋商。即使投诉方不愿在60天结束后继续磋商，也不意味在60天期限一过，投诉方就立即提出设立专家组的申请。实践中，投诉方往往需要一段时间，根据磋商中得到的信息和争执的问题，准备投诉材料。