于是,根据中国科学院地球物理研究所提出的探测报告,中国科学院协调发展局正式向路甬祥常务副院长和陈宜瑜副院长呈送了《有关发掘工作的设想报告》。路、陈两位副院长当即明确指示:“抓紧时间,严密组织,保证安全,快速解决问题!”
叶捷副所长受领指示后,迅速赶赴日坛公园和该园负责人商谈发掘事宜。没想到,日坛公园的负责人断言拒绝发掘。其理由是,一旦发掘,将破坏神道和古松。而日坛公园里的神道和古松是文物,绝对不能破坏,哪怕在此动一草一木都要上报。面对此情,叶捷只好再三说明发掘、寻找“北京人”的重大价值和意义。后又几经协商,公园负责人终于想出了一个两边兼顾的办法,可以借助公园人员给古树复壮施肥的机会搞点小规模发掘。
双方协议总算达成,并定于1996年6月3日上午正式发掘。为了这一工作顺利进行,中国科学院古脊椎动物与古人类研究所与北京共同保安服务有限公司日方顾问仰木道之签订了一份《关于发掘失落的“北京人”化石可疑埋藏地点的协议书》。该协议书主要就发掘物的归属、录像、照片等版权事宜做了较明确规定: