1937年 4至5月间继续发掘。在第8—9层底部发现人头骨残片：1块眉嵴、成年人的5颗牙齿、1块成年人的下颌骨残片，以及保留了6颗牙齿的上颌骨。那块眉嵴与第二个头骨相拼，严丝合缝。7月7日，全国性抗日战争爆发。7月9日，周口店的发掘工作停止。
1938年 5月中旬，在周口店留守的3名工人赵万华、董仲元、肖元昌被日本兵杀害。6月9日，协和医学院总务长博文下发公函，发给每位死难者家属一年的工资，以示抚恤。
1941年 春季，魏敦瑞离开北平去美国，不久新生代研究室解散。为了防止周口店发现的“北京人”化石和山顶洞人化石等珍贵化石被日本人掠走，11月底，把它们装入2个木箱，准备运往美国暂时保存。12月7日日本偷袭珍珠港，太平洋战争爆发，2箱化石全部丢失，至今下落不明。
附录二 本书部分人名译名对照
埃德温·恩布里 Edwin R.Embree
艾利奥特·史密斯 Sir Grafton Elliot Smith
艾莉森·布鲁克斯 Alison S.Brooks