从心里说，段祺瑞并不是很待见黎元洪，黎元洪这个人之所以能够起家，是因为辛亥革命时稀里糊涂当了两天革命党的傀儡。这样的人，既非真才，也无实学，更没有带过兵打过仗，论文是半吊子，论武是三脚猫，让段祺瑞拥护黎元洪当总统，他内心里很难接受，但此时形势所迫，又不得不拥护黎元洪。6月7日，黎元洪在东厂胡同私宅举行了总统就职典礼。同一天，陕西都督陈树藩宣布取消独立，并通电全国表示“树藩仅举陕西全境奉还中央，一切悉听中央处分”。陈树藩，字柏森、柏生，是安康（今陕西省安康市）人，早年曾在段祺瑞主持的保定陆军学校就读，辛亥革命时光复西安，此后在陕西击败袁世凯的心腹陆建章，控制陕西。段祺瑞对陈树藩的行动非常满意，认为值得鼓励，于是任命陈树藩为将军府汉武将军，后又委任为陕西督军，而陈树藩也深感段祺瑞的赏识，此后便投靠段祺瑞，成为皖系军阀的一员。
第二天，“二陈汤”中的四川都督陈宦也宣布取消独立，并且致电北京国务院，但是陈宦却没有像陈树藩那样博得段祺瑞的好感。因为陈宦这样做，是受到黎元洪的策士金永炎、哈汉章等人的劝诱，陈宦只道是黎元洪当了大总统，所以为了讨好黎元洪，也没有和护国军方面联系，就通电取消独立。可是陈宦并不知道，黎元洪不过是一个光杆司令，北京城里吐口唾沫是个钉的人是段祺瑞，陈宦这种讨好黎元洪的做法最让段祺瑞不舒服。而且陈宦素来和段祺瑞没有什么交情，倒是和北洋系的另一个大佬冯国璋来往密切，段祺瑞对陈宦的不满就可想而知。所以陈宦宣布四川取消独立以后，段祺瑞并没有指派他为四川将军并督理军务，这样一来陈宦就陷入尴尬的境地，他已取消独立，但北京政府也不给予他任命，一时陷入两难的境地。