改编后的中心问题是保证共产党的单一领导。他强调指出，改编以后选择与教育干部是最重要的环节。提出要保存红军固有的特长，改正缺点，要反对在红军实际生活中日益增长的右倾机会主义倾向。
会议进行中间，周恩来、朱德、博古等赶来参加，会议发言愈加踊跃。会议一致通过彭德怀的报告及有关决定。
会议结束不久，与国民党的合作谈判也取得了大的进展。1937年8月中旬，鉴于在国共双方在主要问题上已达成协议，为早日完成改编，出师抗日，朱德提前离开南京，返回陕西云阳红军红军前敌总指挥部。
为了做好红军改编工作，第二天，朱德和彭德怀率全体指战员发布《留别西北同胞书》，内容如下：
敝军要与相聚八个月的父老兄弟姊妹们暂且告别。为了国家，为了民族，为了使西北兄弟父老姊妹不做亡国奴，敝军要走上抗日前线去。要以我们的头颅和热血把日本强盗赶出中国，把汉奸铲除干净，那时再回来与我们亲爱的父老兄弟姊妹相见，过快活的太平日子。