万历三十年和三十一年，他又一再上疏反对矿税，并且提议修浚河渠、建筑水闸、防范水旱，这些主张非但没有被采纳，反而被罚了5个月的俸禄。
从李三才身上可见东林党人的执着。
为了扭转“处处挨打”的局面，东林党人决定反攻，他们的武器就是“京察”。
“京察”是考察在京任职的官员，每6年一次。“京察”是根据官员的政绩、品行，来决定升迁、降调或罢官等奖惩。若是“京察”中被罢了官，就将终身不再起用。
万历二十一年的京察，主持者是吏部尚书孙考功、郎中赵南星和左都御史李世达，他们都比较正直不徇私情。文选员外郎吕胤昌是孙南星的外甥，都给事中王三余是赵南星的亲戚，都因考评不佳被罢黜。东林党也借此机会罢黜了一些与内阁大臣交往很深的官员。
到了万历三十三年，主持“京察大计”的是东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔，就把浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人贬谪了。但南京的“京察大计”主持者则是齐、楚、浙党主持，他们借机斥逐东林党的官员。