然而如果焦尸不是建文帝的话，那朱棣厚葬的又是谁？焦尸很有可能是建文帝的皇后，大明朝第二位马皇后，史书记载朱棣攻入南京城的时候马皇后是自焚而死的，同样有明确记录，然而史书却没有提及朱棣对这位死去的侄媳妇的后续处理措施，这是很不合常理的。要知道建文帝的生母吕氏在建文帝在位时被尊为皇太后，朱棣即位后为了法统自然不能承认这个“伪太后”了，所以特地将其改封为皇嫂懿文太子妃，并安排其住到懿文太子陵旁边，为太子守陵。同样是“自焚”而死的建文帝也得到了朱棣的厚葬了，马皇后毕竟曾经当过皇后，是朱允炆的原配，那么相应的马皇后也应该得到厚葬，而且按照礼制来说应该跟建文帝合葬在一起。
但是有关这一时期的任何史料都没有记载马皇后最后跟建文帝合葬，甚至连马皇后是否得到了安葬都没有提及。对了，几百年后的《明史》倒是提到马皇后跟建文帝一块合葬了，但是《明史》中前面还说建文帝“不知所终”，后面就又说把马皇后和建文帝合葬了，这种自相矛盾的言论难以让人信服。而在《明史·后妃传》中提到马皇后时只是说她死在火灾中，后续的故事只字未提。明末清初的史学家谈迁撰写的《国榷》中记载了一件特别有意思的事，就是当时南京城的一些老人们都指不出建文帝葬在哪里了，连大概方位也不知道。