傍晚，军人执政委员会宣布全国实行戒严，军队还分割包围了各个居民区，进行大搜捕。阿连德政府的领导人，有的被打死，有的被逮捕送往南方麦哲伦海峡中的一个孤岛上服劳役，有的流亡国外，有的转入地下。在随后的日子里，一些被认为对皮诺切特的政治前途有威胁的智利名流也被相继赶尽杀绝。这场夺权的军事政变非常残酷无情，据大赦国际组织揭露，在智利约有1—1.5万人死因不明或失踪。政府不仅滥杀无辜，还滥关无辜，当时监狱人满为患，集中营遍布全国。仅皮诺切特上台的头3年就逮捕了13万人，驱逐出境1万人，对关押的政治犯严刑拷打，其残暴程度简直令人发指。
皮诺切特军政府统治
“九一一”政变后，以皮诺切特为首的“军人执政委员会”上台，开始了智利历史上的军政府执政时期。1974年6月，皮诺切特正式就任总统。他上台面临两大任务：一是稳定政权，二是恢复经济。为了稳定政权，军政府发布了“紧急状态”法令，全国实行戒严和宵禁。政治上采取高压手段，终止宪法，解散议会，禁止政党活动，实行军事独裁。在经济方面，改变了原来的发展方向，放弃了“进口替代”发展战略，实行“自由市场经济”，取消关税保护和国家补贴，鼓励私人企业的积极性，发挥市场竞争机制。由于采取这些措施，智利经济从1976年起开始复苏。1976—1981年，智利经济增长较快。1981年3月11日，皮诺切特担任立宪总统。可是，好景不长，1980年西方发达国家遭受经济危机，这必然影响到照搬西方“自由市场经济”模式的智利经济，导致其严重衰退。1988年10月5日，智利全民就政府经济模式举行全民公决，结果是反对票占54.71％。皮诺切特不得不于1990年3月11日交出政权，从而结束了长达17年之久的皮诺切特军政府的统治。