经郑成功的哥哥郑泰同意后,诸将给郑成功送去公启,启本中有“报恩有日,侯阙无期”的话。明确表达了金、厦诸将联合抗命的意思。郑成功阅信后,心中愤懑已极。五月初一日,身感不适,仍每天登将台,手持望远镜眺望澎湖方向有没有船来。因而患上风寒,到了第八天,突然发狂地喊叫道:“吾有何面目见先帝于地下也?”既而用两手抓面而逝。所以,《台湾通志》上说郑成功是死于感冒风寒。[4]
郑成功逝世后,在台诸将举郑经弟郑袭护理国事,而黄昭、萧拱宸等人又以郑经“乱伦”“不堪为人上”,拥郑袭为东都主,并分兵准备抗拒郑经。消息传来,郑经即在思明继位发丧,以陈永华为谘议参军、周全斌为五军都督、冯锡范为侍卫,整师准备渡台。
这时清靖南王耿继茂、总督李率泰遣人前来议抚,郑经执“按朝鲜事例,不削发,称臣纳贡”,议未成。同年十月,郑经率师东渡,迅速平定黄昭、萧拱宸之叛。翌年正月,返回思明。六月,以其伯父郑泰支持黄昭拥郑袭拒己,假意置酒邀郑泰议事,伏甲兵而杀之。郑泰死后,其弟郑鸣骏、子郑缵绪即率所部入泉州降清。十月,清廷调集大军,会合投诚诸军及荷兰舰队进攻金、厦,郑经不敌,退守铜山(今东山县)。这时,耿继茂、李率泰又遣人议抚,郑经仍执前议,声言:“若欲削发、登岸,虽死不允。”