山本之死在日本引起了震动。一个月以后，日本大本营才公布：“联合舰队司令长官海军大将山本五十六于本年4月在前线指挥全盘作战时遭遇敌机，在机上壮烈战死。”同日，情报发布的公告称：追授山本大勋位，功一级，正三位，元帅称号，按国葬规格进行安葬。海军方面请求加赐山本“男爵”称号，但未蒙赐准。
1943年6月5日，山本的国葬仪式在东京的日比谷公园举行。
仪式之后，骨灰一分为二，一部分安葬在东乡平八郎的墓旁，一部分由他的姐姐高桥嘉寿子带回故乡长冈长兴寺。
山本五十六的一生充满了传奇、矛盾和悲剧色彩。他在战前极力阻止日美战争的爆发，又有战争中对美国和世界人民犯下了滔天罪行；他在一般人认为不可能的情况下一举摧毁了美太平洋舰队主力，又在一般人认为必胜的条件下在中途岛丢盔弃甲；他在硝烟弥漫的战场过早地丢失了性命，却又逃过了两年后世界人民对他的审判。然而，不管山本五十六生前有过何等传奇的经历和迷人的言辞，他在二战中屠杀世界人民的罪行都是不可饶恕的……