一是“顺应自然”的治疗原理。
就是一面老老实实地接受症状不予抵抗，一面带着症状从事正常的工作和学习，对躯体和心理症状不加排斥和压抑，采取“有，就让它有去”的弁度。要顺其自然必须做到：①要认识情感活动的规律，接受不安等今人厌恶的情感。②要认清精神活动的规律，接受自身可能出现的各种想法和观念。
③要认清症状形成和发展的规律，接受症状。④要认清主客观之间的关系，接受事物的客观规律。顺应自然，对自己的症状采取接受弁度，一方面不再强化对状弁的主观感觉；另一方面，因为不再排斥这种感觉，而逐渐使自己的注意不再固着在症状之上，从而打破精神交互作用使症状得以减轻直至消除。
二是“为所当为”的治疗原理。
与人相关的事物分为可控制的事物和不可控制的事物。前者是指个人通过自己的主观意志可以调控改变的事物；后者是指个人主观意志不能决定的事物。森田疗法要求以学习顺应自然的弁度，不去控制不可控制之事，如人的情感；但还是注意为所当为，即控制那些可以控制之事，如人的行动。“为所当为”就是指在顺应自然的弁度指导下的行动，是对顺应自然治疗原则的充实。这里的要点是：①忍受痛苦，为所当为。尽管症状痛苦也要接受，去做应该做的事情，把注意力及能量投向自己生活中有确定意义并能见成效的事情上，努力做应做之事。这样，任凭症状起伏，都有助于打破精神交互作用，逐步建立起从症状中解脱出来的信心。②面对现实，陶冶性格。神经症患者的精神冲突，往往停留在自己的主观世界之中，他们对引起自己恐惧不安的事物想了又想，斗了又斗，但在实际生活中，对引起其痛苦的事物却采取了一种逃避和敷衍的弁度。事实上，只有通过实际行动，才会使思维变得更加实际和深刻。实际行动才是提高对现实生活的适应能力的昀直接的催化剂。在实际生活中将精神能量引向外部，就要注意所做的事情，这就减少了指向自己心身内部的精神能量。而与外部世界的实际接触，又有助于患者认识自身症状的主观虚构性。