此时的冯国璋就像是一个耍性子的小孩子，父母做的事情他不满意，但是却不想据理力争，于是采取冷处理的方式，就是不闻不问。其实在袁世凯称帝之后，冯国璋都没有准备非要跟袁氏对着干，他是出了名的好孩子，虽然对帝制复辟不情不愿，但是也没有必要跟袁氏对抗。到托病不进京担任参谋总长，也像是犯了错的孩子对长辈的惧怕，腻歪在屋子里能拖一天是一天。后来护国战争爆发，袁世凯任命冯国璋为征伐滇黔总司令，冯国璋也是做好了为袁世凯去冲锋陷阵的准备。帝制复辟他固然不支持，但是也不允许别人打袁世凯。主人对自家的狗不好，狗固然会埋怨主人，但若是有人趁机摸进主人的院子，狗照样还是会帮着主人咬来犯者。所以接到任命以后，冯国璋就和张勋等联电请政事堂及统率办事处转请颁发讨伐令，并且“条陈平乱之办法”，而冯氏的嫡系禁卫军也表示会“力顾大局，坚持到底”，若说冯氏只是装装样子，不必如此大费周章。
1916年1月5日，袁世凯正式对云南护国军发布讨伐令，随后袁世凯便准备派出三路部队一举击垮护国军，其中，以虎威将军第三师师长曹锟、第七师师长张敬尧、第八师师长李长泰所部入川进攻，作为正面进攻护国军的主力。袁世凯派出的这三路部队，后来的事实证明都没有起到任何作用，但是对曹锟来说，入川可以说是他人生的转折点，因为袁世凯专门讨伐令中声明以“虎威将军曹锟督率各师，扼要进扎，听候调用”，就此大大提升了曹锟在北洋军中的地位，加上段祺瑞和冯国璋此时都因为不同的原因韬光养晦，曹锟一时之间成为北洋军中的头号人物。除了派出三路大军，他还在丰泽园组织了“征滇临时军务处”，本拟请段祺瑞出来，但段氏以“宿疾未愈”为由推辞，他只好转而去请冯国璋，使得冯国璋处于两难境地：北上怕丢掉地盘，抗命又恐袁氏责怪。