朱苏力对作者叙述历史的方式也提出了坦率的批评。他指出此书的主题并不很明确，似乎有分裂的迹象。就书名和所讨论的问题在全书中的比例来说，讨论的应是“儒学地域化”的过程；但就导论及后文研究中隐含的思想看，又似是讨论“儒学地域化”与中国近代三大变革的关系。当然这两个研究主题肯定有交叉，但它们毕竟是两个研究主题，因此著作的结构方式和论述方式就应当有所区别。如果两方面都想照顾，主题反而会不突出，这本书的框架和材料至少是两本书的。也就是说，该书的理论框架和材料给人以“两张皮”的感觉。除了导论有点突兀独立外，即使在后面侧重实证分析的文字中，尽管作者力求照顾导论的理论框架，但分析仍然与理论线索联系得不够紧密，材料的分析没有将先前的理论线索丰富和丰满起来。
朱苏力还认为，如果讨论地域知识与近代三大运动的互动关系，应该重视知识进入近代中国历史的位置和时间。比如受湘学训练的曾国藩进入中国变革舞台的时间与康、梁和江浙学人进入的时间有差异，这种差异受体制及文化变迁等因素的影响。而对三种知识进入中国近代史的时间和空间位置的分析表明，这些知识话语本身说的是什么并不重要，甚至完全不重要，重要的是这些话语是如何分别在近代中国被人们感到是重要的，并为人们标记在历史上。因此，如果这本著作要真正讨论三大知识群体的互动或者是与三大运动的关系，就必须在这些方面把更多的社会话语实践因素和机制纳入他的分析。这即是说，在承认知识发展脉络具有自身独立性之际，仍然需强调知识形态或话语实践从根本上看是同社会联系在一起的，仅仅考虑知识群体的知识形态的内在机理是不充分的，仅仅考察知识形态与运动之间的关系也是不够的，还必须考察知识是从什么途径、通过谁、在什么时候、因为什么偶然事件、以什么方式、与谁发生了什么样的争论而进入社会，它持这种表述的目的是什么，它实际上留下了什么，是怎样获得重视的，为谁所重视。否则，过分强调知识自己的逻辑、机理有点太唯心主义。[33]