人力资源和社会保障部的一项调查同样佐证了农民工社保参保率不高的事实。根据该项调查，四川省农民工数量超过1 000万人，截至2012年9月底，四川全省农民工参加工伤保险的人数仅为160万人。浙江省农民工合计2 100万人，2012年只有工伤保险参保率最高，其他险种的参保率刚刚突破20%。
中国社会科学院世界社会保障研究中心主任郑秉文认为，广大的农民工群体急需社保，但又难以加入社保。在“十二五”期间，提高农民工参保率，具有很大的挑战性，主要原因就是与“低起步”的城镇居民养老保险相比，把农民工纳入城镇职工养老保险体系的难度很高。
资料来源：中国劳动保障新闻网.2014-05-20.
第四，随着城镇化、工业化和城乡一体化进程加快，大量农村务工人员从农村迁徙到城市，不同地域养老保险政策的差异给我国养老保险制度的统筹带来挑战，跨区域同种社会保险的移转以及跨区域不同种社会保险的移转十分困难。现在我国所实行的农村养老保险管理体制繁杂，涉及部门较多，存在功能交叉。例如，既有新型农村养老保险制度又有新型农村合作医疗制度，还有针对农村“五保户”的救济、抚恤以及部分地区实行的最低生活保障制度，此外，还有针对农村“双女户”等计划生育对象的养老保险制度，这些制度由不同部门出台、管理，政策难以协调，无法发挥整体效应。