1987年，岛内台独派政治团体借着纪念“二?二八”四十周年的名义公开展开了台独历史解释权的斗争。
1988年1月13日，蒋经国去世。李登辉以台湾本省籍人士身份首次执掌台湾党政大权。台湾政局从此进入一段长达十二年的“李登辉时代”。基于内外形势的发展变化和现实需要，李登辉继续推行蒋经国的“革新”路线和政策并加以调整和突破。面对党内、朝野和两岸互相纠结的三大矛盾，他首先通过党内斗争使得国民党上层权力结构“非蒋化”、“多元化”、“本土化”和“年轻化”；同时，通过与在野党合作推动的终止“动员戡乱时期”、废除“临时条款”、回归宪法等“宪政体制改革”，使台湾政权向“实体化”方向演变；最后，确立以“一国两府”的构思，作为处理两岸关系和发展对外关系的政策基点，刻意谋求台湾的独立政治实体地位。它的作法是：一方面继续缓和两岸关系、逐步松动“三不政策”；一方面却加强政治渗透，“以通促变”，并大力推行“弹性务实外交”，逐步推动与中国渐行渐远的分离政策，争取以美、日为主的国际势力支持，达到法理上脱离中国成为独立国家的目的。因此，1995年6月，他以所谓“私人身份”访美，并在康乃尔大学发表一篇“鼓吹分裂的自白”，逼使北京不得不对台发动威慑性军演；1996年，他又提出所谓“戒急用忍”的大陆政策。1999年7月，他更进一步发表所谓“两国论”。这样，原本平稳进展的两岸关系不但大为倒退，海峡两岸甚至濒临战争边缘。