巴加扎打击教会的做法，在西方国家也引起强烈的反应，致使布隆迪与西方国家的关系日趋紧张，在经济上遭到报复。巴加扎推行“小商业布隆迪化”，盲目排斥外商，导致物资短缺，市场萧条。布隆迪是一个资源贫乏的国家，以农牧业为主，国家的经济是咖啡生产。随着国际市场咖啡价格的下跌，使布隆迪的经济进一步遇到困难。
巴加扎曾多次许诺给公职人员和军人增加工资，但由于经济困难难以兑现，这使公职人员和军人深感失望。在武装部队内，由于下级军官和士兵待遇非薄，不足以养家糊口，特别是士兵的生活清苦，不满情绪日增。
巴加扎曾试图使胡图族人进入政府和武装部队，他任命了一些胡图族人的部长，并将一些胡图族人拉进到执政的民族统一进步党的政治局。布隆迪武装部队一直为图西族所控制，巴加扎却批准招收胡图族军官。巴加扎这一部族平衡的措施遭到不少图西族人的反对，图族人担心胡图人进入武装部队后将会挑起更多的部族冲突，他们还害怕胡图族的报复。于是，图西族人武装部队参谋部作战和训练局局长皮埃尔·布约亚少校积极组织政变。预谋政变集团的还有布隆迪第二大城市基特加驻军司令鲁菲里少校、布琼布拉伞兵突击队第一营指挥官热拉尔西沙·哈约少校、布琼布拉军事学院让·克洛德·恩迪约中校和埃德蒙·恩德加卡齐上校、军事法庭庭长艾蒂安·辛达赫布拉等。他们决定趁巴加扎总统赴加拿大参加国家首脑会议的时机发动政变。