郑芝龙自以为皇帝由己立，立足在自己地盘，吃着福建的粮，享受着自己赞助的俸禄，朝见时自然应当排在文武诸臣前面。首席大学士黄道周却以祖制勋臣从来没有位居班首的先例，坚持不让。在隆武帝的干预下，黄道周取得了表面的胜利。
在接着的一次朝见群臣时，郑芝龙、郑鸿逵当着皇帝的面挥扇去暑，户部尚书何楷上疏劾奏他俩“无人臣礼”。隆武帝嘉奖何楷敢于直言，立即给他加了左都御史的头衔。然而，这位朝廷的总监察官并不好当，郑氏集团处处予以刁难，何楷只能辞职返乡。最后在回乡途中遭到一伙假冒强盗的打劫袭杀，何楷看到伏兵持刀突然出现，心中已经明白这是郑氏集团所为。他镇静如常地说道：“知道你们想得到的是我脑袋，不要祸及其他无辜的人”于是伸出脑袋让他们来砍。何楷这一举动，使得贼们顿时愣在那儿了，停顿了几分钟，贼首赞叹道：“好一个部院，且取你的耳朵就可以了。”于是割下何楷的耳朵扬长而去。回去向郑芝龙兄弟报告，何楷已经被袭杀。隆武皇帝听说何楷被杀，悲伤地哭了好几天。当时有人作一对联说：