刘基为明朝开国立有三件大功：一是指出正确的政治方向，即摆脱韩林儿而自树一帜，以收揽人心，威服天下；二是制定了正确的战略方针，即先攻陈友谅，后灭张士诚；三是在各个战役中屡出奇计。难能可贵的是，开国以后，他能坚持自己的一贯主张，要求“以仁治天下”。朱元璋在登基之后面对满目疮痍的世界感到一片茫然，不知所措，就向刘基请教，刘基说：“生民之道，在于宽仁。”对于吏治的腐败，他深恶痛绝，建议朱元璋严加治理。他仍然保持着刚正不阿的性格，对于文臣之首的李善长，他也毫不通融，不顾李善长的求情和威胁，毅然以御史中丞的身份杀死了李善长的亲信、贪污犯李彬，引起了朝野震动。后来，他敌不住李善长的百计陷害，干脆回家闲居。
刘基极有知人之明，他深知朱元璋生性多疑。外宽内急，所以不去致身仕途，而是尽量洁身远引。一次，朱元璋想把李善长换掉，让他当丞相，刘基说：“李善长是功臣勋旧，能够调和众臣。”