大批满洲将帅斥逐以后，清军形势渐有转机。颙琰兼用绿营将领杨遇春、杨芳一类人，才能远在满洲大帅上，白莲军首领多被捕杀，军力渐趋衰弱。颙琰又利用乡勇（地主武装）罗思举（大盗出身）、桂涵（流氓出身）一类人，熟悉地势敌情，凶悍远在官兵上。白莲军屡遭猛击，军力益趋危境。颙琰又采用襄阳绅士梁有谷等筑堡（碉堡）团守（民团）法，令各省广筑碉堡，厉行驱民入堡，坚壁清野，绅士督率民团守堡防堵，官兵乡勇追敌猛击，白莲军流动地区逐渐缩小，衣食匮乏，军力更不能支。颙琰又宣布“但治从逆，不治从教”诱降策，白莲军最后不得不战败溃灭。
嘉庆元年正月白莲军起事，五年六月，教主刘之协被捕。九年九月，白莲军败灭。清军杀白莲教徒及平民数十万人，用军费二万万两。
乡勇建立了大功，却招清朝的畏忌。陕西总督长麟奏称：“团练（乡勇）在今天有用，在将来有大害。因为民气从此强悍，不免聚众斗争，抗官拒捕，不可不及早遏止。请速派委员，稽查兵器，拆毁堡寨。”颙琰从长麟议，收回民间兵器，又设立寨首，仿保甲法，约束民户，防御寇盗，有些堡寨得暂留不毁。