于是兵部尚书张国维奉鲁王以海（太祖十四世孙）监国绍兴（六月）。礼部尚书黄道周，亦奉唐王聿键（太祖九世孙）称号于福州（闰七月。道周旋从广信出兵衢州，至婺源，为清兵所败，被执，不屈死）。清朝既据南京，旋下剃发之令，于是江南民兵四起，也有通表唐王的，也有近受鲁王节制的。然皆并无战斗之力，“旬日即败”。公元1646年，清命肃亲王豪格和吴三桂定川、陕，贝勒博洛攻闽、浙。豪格入四川，与张献忠战于西充。献忠中流矢阵亡。其党孙可望、李定国、白文选、刘文秀等，溃走川南。旋入贵州，清兵追到遵义，粮尽而还。博洛渡钱塘江，张国维败死。鲁王奔厦门。唐王初因何腾蛟招抚李自成的余党，分布湖南、北；而杨廷麟也起兵江西，恢复吉安；要想由赣入湘，然为郑芝龙所制，不能如愿。到博洛攻破浙东，芝龙就暗中和他通款，尽撤诸关守备，清兵入福建。唐王从延平逃到汀州，被执，旋为清兵所杀。唐王既死，大学士苏观生（唐王派他去招兵的），立其弟聿于广州。兵部尚书瞿式耜等，亦奉桂王即位于肇庆。博洛派李成栋攻广东。十二月，破广州，聿镇、观生皆自杀。成栋进陷肇庆，桂王走桂林。清朝又派降将孔有德、尚可喜、耿仲明攻湖南。金声桓攻江西，吉安陷，廷麟殉节。何腾蛟退守全州。公元1648年，金声桓、李成栋，以江西、广东反正。何腾蛟乘机复湖南，川南、川东亦内附，清大同守将姜瓌亦叛，于是桂王移驻肇庆，共有两广、云南、贵州、江西、湖南、四川七省之地。清朝就派吴三桂定川、陕，郑亲王济尔哈朗会孔有德等攻湖南。都统谭泰攻江西，金声桓、李成栋、何腾蛟都败死。公元1650年，清兵复陷广州。1651年，孔有德陷全州，进攻桂林，瞿式耜也败死（这时候，姜瓌已死，吴三桂已攻陷四川）。桂王避居南宁，差人封孙可望为秦王，请他救援。于是孙可望派兵三千，保护桂王，驻跸安隆（如今广西的西隆县）。派刘文秀出叙州，攻重庆、成都。李定国攻全州、桂林。孔有德败死，吴三桂逃回汉中。于是明事又一转机。定国旋遇袭，失桂林，退保南宁。文秀进攻岳州，也大败于常德。然而清朝因为这一班人，都是百战之余；而云南、贵州，地势又非常险阻，于是派洪承畴居长沙，以守湖南；尚可喜驻肇庆，以守广东；李国英驻保宁，以守川北；其余的地力，暂时置之度外了。而桂王又因孙可望跋扈，召李定国入卫。定国把桂王迎接到云南，和刘文秀合兵。公元1657年，孙可望攻之，大败。遂降清。洪承畴因请大举。公元1658年，承畴从湖南，三桂从四川，都统卓有泰从广西，三路出兵。九月，三路兵会于平越，合兵入滇。定国扼北盘河力战，不能敌。乃奉桂王居腾越，而伏精兵于高黎贡山（在腾越之东）。清兵从云南、大理、永昌，直追向腾越，到高黎贡山，遇伏，大败而还。于是李定国、白文选奉桂王入缅（刘文秀已死）。公元1661年，清兵十万出腾越，缅人执桂王付三桂。1662年，为三桂所弑，明亡（白文选为三桂所执。李定国不多时，也病死于缅）。