1948年9月24日，国民党军在黄河以北之军事重镇、山东省会济南失守；接着，国共东北会战以国民党军失败而告终，东北地盘于11月初尽失，全盘军事形势急转直下。蒋介石此时已不能不作退守台湾海岛的准备，保留更多的金银外汇硬通货，已经成为币改的重要目的，甚至不再被轻易用于前途无望的战争。11月底，蒋介石下令将币改中回收库存上海之金银外汇转运台湾。12月1日，774箱共2004459两纯金自上海起运去台。直至1949年5月17日国民党军自上海撤守前，还从中央银行提走黄金19.2万两、银圆147万元。当月中央银行在台湾的存金有2294207两。这些金银对国民党退守台湾后稳定经济形势起到了重要作用，如蒋经国所言：“政府在播迁来台的初期，如果没有这批黄金来弥补，财政和经济情形早已不堪设想了。”
币制改革失败后，金圆券发行数量如脱缰之马，贬值速度之快更是创下世界货币史的奇观。至国民党军自上海撤守前夕，1949年5月24日，金圆券发行数达到了679459亿元，再加本票145706亿元，共825165亿元，为其最初发行限额的41000余倍。与此相对应的是物价狂涨，1949年5月上海的物价指数为1948年9月的500多万倍，9个月的上涨幅度接近于前12年的总和。5月的最高米价为1石3亿元，黄金1两兑价接近50亿元，美元1元兑价超过8000万元。金圆券“信用日益低落，各地纷纷自动以银圆、外币、黄金乃至实物等计值交换或流通，若干地区已视金圆券为废纸”。1949年1月，李宗仁出任代总统。为了解决支付问题，2月25日颁布《财政金融改革案》，规定军事费用以银圆为标准计算，军粮和军服以实物计算，进口税以关元计算（1关元合0.4美元），货物税中的棉纱、火柴、水泥、卷烟、食糖等改征实物，这意味着国民党政府也不再承认金圆券的价值。1949年4月中共大军渡江之后，国民党政府统治地域不断缩小，金圆券的使用空间也越来越有限，“多数地方已不通用，即在少数尚能通用之城市，其价值亦逐日惨跌，几同废纸”（重庆的金圆券价值惨跌至15亿元才能兑换银圆1元），“各地民众多以旧时银圆及其他硬币为交易媒介，或实行以物易物，各国营事业及税收机关亦多拒用金圆券，改用硬币”。金圆券还未及被正式废止，就已经变成了废纸。