同时，他还批评了当时许多对耶稣基督抱持不同观点的历史神学家。他指出耶稣是真的出自神授的，而不只是一个凡人。一个异教者认为上帝只不过是寄居了耶稣的肉身，托马斯则回复道上帝的完整乃是耶稣的存在所不可或缺的一部分。
不过，托马斯也曾主张耶稣具有一个真正的（理性的）人类灵魂。这个说法使得耶稣有了双重的本质，也使托马斯与阿利乌的理论产生矛盾。他还认为这两个本质是同时存在的，但在同一个人类躯体里却是可以清楚辨别的，这个说法又与摩尼等人的理论产生差异。
简而言之，“基督有一个与我们本质相同的真实躯体、一个真实的理性灵魂，但除此之外还多出了完美的神性”。也因此，耶稣基督是统一的、三位一体的，但也可以是多重的。
在托马斯来看，人类存在的目标是要与上帝结合并且建立永恒的联结。更具体地说，这个目标可以透过“乐福直观”达成，乐福直观代表的是当人了解到上帝的本质，因而获得了完美、无止尽的幸福的境界。