耶稣会传教士与中国的佛、道之所以发生激烈的冲突，与其传教策略有着密切的关系。万历十一年（1583年），利玛窦肩负着耶稣会的重托，踏上“文明鼎盛”而又神秘莫测的中国国土。在研究中国文献和语言的同时，他敏锐地发现儒学和士大夫阶层在中国社会中的重要地位，遂改变前一年进入中国时认同佛教的做法，改行穿儒服、行儒礼的所谓“合儒”、“超儒”，排斥释、老的传教路线。此后利玛窦传教活动的顺利展开，说明这是一条成功的道路。但这种做法，却将天主教摆在与释、道二教对立的位置，不可避免地要引发传教士与僧徒道众的宗教之争。按照利玛窦的说法，这就是“所是所非，皆取凭于离合，尧、舜、周、孔皆以修身事上帝为教，则是之；佛教抗诬上帝，而欲加诸其上，则非之”[86]。
最早的天主教与释、老间的大论战，爆发在双方代表人物集中的杭州和福州。
为了附会儒家，攻击佛教，以利玛窦为代表的传教士不惜编造神话，曲解历史。例如利玛窦编造说：“考中国之史，当汉明帝时，尝闻其事（天主教），遣使西往求经，使者半途误值身毒之国，取其佛经，流传中国，迄今贵邦为所诳诱，不得其正道，大为学术之祸，岂不惨哉！”[87]教徒们更是公开以排佛辟道为己任，声称：“缙绅亦好习其（佛、道）者，徒以生死之际，孔子未尝明言……虽欲骤折之，而无辞焉。岂知教从天来，二氏不奉天，即非正教，妄自主教，即为亵天，此易折耳。若夫（天主教）治世既不离君臣父子之经，而修性又详通生死幽明之理，得非至大至公正之道乎！”[88]