第三，培根主张对大学的制度和章程进行改良。培根认为，一个国家的学术的进展是靠着大学的条规和制度的，但在他看来，当时大学的管理制度存在缺陷，即“一般管理大学的人们，不勤于考求，一般君主们或名人们，忽略于巡视；他们都懒于甄别研究从古相传的读法课程以及关于学问的其他习惯规划得是否完美，是否合时，是否需要改良，需要修正”。他指出：“现代大学中的惯例同条规，大部分既然都是从古传来的，所以都应当重新受一次考验。”[94]例如，有一种错误就表现在一般大学生身上：不到成熟时期，就躐等地来学习论理和修辞学。培根认为，这种学问只宜于毕业生，而不宜于儿童和初学者。因为这些学科只是教人如何铺陈材料、如何排列内容。所以，当学生的心理仍处在空虚无物的时候，只能堕落成儿童的诡辩和可笑的做作。培根对大学中那种把机警和记忆分开的辩论竞赛不以为然，认为那种做法或则事先准备，无须机警，或则立时登台，不事记忆，所以不能有完善的效果。因为在人生实际行动中，单凭事先预想，或专恃临机应付，都是不中用的；必须一面才具敏捷，一面记忆准确，成竹在胸，然后交互为用，接近于实际的人生；否则所谓练习，只是颠倒心理的功能，不堪发展智慧的作用。