先是贼围杭州，国藩迭奉援浙之命，咨令太常寺卿左宗棠统军入浙，檄派张运兰、孙昌国等水陆各营均归调度，以厚兵力，并拨给钱漕厘金以清所部积欠。因奏称左宗棠前在湖南抚臣骆秉章幕中赞助军谋，兼顾数省，其才实可独当一面。恳请明降谕旨，令左宗棠督办浙江全省军务。
上以浙江巡抚王有龄及江苏巡抚薛焕不能胜任，著曾国藩察看具奏，并迅速保举人员，候旨简放。国藩奏言：
苏浙两省群贼纵横，安危利钝系于巡抚一人。王有龄久受客兵挟制，难期振作，欲择接任之人，自以左宗棠最为相宜。惟此时杭州被困，必须王有龄坚守于内，左宗棠救援于外。俟事势稍定，乃可更动。至江苏巡抚一缺，目前实无手握重兵之人可胜此任，查有臣营统带淮扬水师之福建延建邵遗缺，道员李鸿章劲气内敛，才大心细，若蒙圣恩将该员擢署江苏巡抚，臣再拨给陆军，便可驰赴下游，保卫一方。
至是杭州失守，国藩复奏陈补救之策：
——拟令各军坚守衢州，与江西之广信，皖南之徽州为犄角之势，先据形胜，扼贼上窜。左宗棠暂于徽、衢、信三府择要驻扎，相机调度。总须先固江西、皖南边防，保全完善之地，再筹进剿。