横渡巴拿马地峡是从科伊巴省，即卡雷塔酋长的小王国开始的，卡雷塔酋长的女儿是巴尔博亚的妻子。正如后来所证实的那样，巴尔博亚没有选择最狭窄的地方，他对这条危险的通道不了解，因而延误了几天。对他特别重要的是，在勇敢进入未知世界时，在补给和撤退方面要能得到友好的印第安人的保证。从达里安来的士兵，即一百九十名配备有矛剑、前膛火枪和弩的士兵同一群数目可观的凶猛猎狗，分乘十条大独木舟向科伊巴省进发。这位联盟酋长派了些印第安人当驮畜和向导。于是在九月六日开始了横渡地峡的光荣进军，这次进军本身对勇敢而有经验的冒险家们的意志提出了极高的要求。在赤道炎热窒人的气候条件下，西班牙人必须首先穿过一片洼地，该地的沼泽和瘴疠一百年后在建设巴拿马运河时曾使成千上万的人丧生。他们从第一个小时起就用斧和剑来开辟一条通向人迹罕至、荆棘遍地、热带有毒丛林的道路。先头部队为后续部队开出了一条穿过密林的狭窄通道，如同穿过绿色矿山一样，西班牙征服者的队伍一人一人地以无限漫长的行列穿过这条狭窄的通道，他们在穿越时总是日夜手执武器，警惕地注视着一切，以防土著居民的突然袭击。无情的烈日在上空燃烧，参天古树结成一个拱顶，丛林里一片漆黑，烟雾漫漫，密不通风，暑气窒人。人们全身汗湿，口焦唇裂，背着沉重的装备，一一英里一英里地蹒跚前进。后来突然降下一阵暴雨，小溪转眼变成了湍急的河流，他们不是蹚水过河，便是从印第安人临时用韧树皮迅速搭成的便桥上过去。西班牙人在路上只能以玉米充饥。他们往往通宵不睡，饥渴交加，又受到无数吸血的蚊虫困扰，衣服都被勾破，双脚伤痕累累，两眼发红，双颊被蚊子叮得红肿，日不安宁，夜不能寐，不久个个都精疲力竭。行军一个星期以后，大部分士兵已经受不住艰苦。巴尔博亚知道，真正的危险在等待着他们，他命令所有的热病患者和过度疲劳的人宁可留下，他只同他军队中经过挑选的人去作决定性的冒险。