由于受“左”的错误的影响，马寅初的人口观点曾一度受到批判，他的《新人口论》曾被污为“马尔萨斯在中国的翻版”，“向党向社会主义进攻”。1960年1月，马寅初被迫辞去北大校长职务。他本人的处境极其艰难，但他始终坚持真理，毫不动摇，公开声明“我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术尊严不能不维护”。然而，历史和实践无可辩驳地证明，马寅初的新人口论是正确的。党的十一届三中全会后,他得到平反。1979年9月，中国政府根据人口现状，制订了严密的政策，全面实行了计划生育。
1982年5月10日马寅初先生肺炎复发，病逝于北京医院北楼病房，享年101岁。马老的一生，经历坎坷，跌宕起伏，是一位具有浓厚传奇色彩的学术英雄。他为救中国弃工学经济，又因为揭露四大家族而被舆论形容成“马寅初作狮子吼”；他因在蒋介石的军校中痛骂“上上等人”而遭捕；他在历尽艰辛回到北大后没几年，又大胆提出“控制人口”，并于1957年4月27日在北大几千人大饭厅发表人口问题演讲，从此又走上了战斗之路……马寅初先生以他的百岁人生，他卓然超群的学养、识见、胆魄、人格、精神和维护学术真理尊严的勇气，震铄了世人，也警醒了国人，被尊崇为学术宗师。其严谨的治学态度和坚持真理、不畏权势的无私精神永远是后辈学人的榜样。