方以智入职工部，为观正，郁郁不得志，卷入党争。崇祯十五年（1642年）授翰林院检讨。两年后即遭遇甲申之变，因哭先皇帝灵柩而被义军逮捕，逃出后一路乞讨到达南都，受到魏阉余孽阮大铖的通缉，到处躲藏。直到弘光朝覆灭，先后追随鲁监国朱以海和唐王朱聿键从事抗清活动，最终被永历帝朱由榔十次下诏受内阁大学士。他固辞不拜，决心退隐，自谓“烽火尚容人玩世，山川不劝客趋朝”。生性狂放的方以智，表面上告别当年慷慨报国的志趣，纵情悠游于山水之间，骨子里依然关心朝政，不甘寂寞。不去做官，却身在草野，心存魏阙，多次上书小朝廷将帅鼓励他们戮力同心、卧薪尝胆、爱民勤政，选用贤才。在二上辞书不久，呕心沥血向永历皇帝进《刍荛妄言》条陈五策，计言复明。当清兵大举南下时，他曾联络东南抗清力量抵抗。顺治七年（1650年）闰十一月清军攻陷广西平乐，方以智被捕。
被俘后他始终不屈，清军在他的左边放了一件清军的官服，右边放了一把明晃晃的刀，让方以智选择。方以智毫不犹豫，立即奔到右边，表示宁死不降。他的气节竟然感动了清军将领马蛟麟，老马将他送到当地梧州城东云盖寺供养。他披缁为僧，改名弘智，字无可，别号大智、药地、愚者大师等。晚年定居江西庐陵青原山，自称极丸老人。[1]