昌时少年时师从东林党中著名人物周宗建，因此他和东林人士声气相通。吴昌时是应社成立时最早入社的十一人之一，后来张溥、张采等合并江南几十个社团，成立复社，吴昌时也是社中骨干，并与张溥、钱谦益、吴伟业等文坛巨子来往密切，由此开始了他非同寻常的政坛之路。
吴昌时于崇祯三年中举人。崇祯七年（1634年）吴昌时和张溥、吴伟业、陈子龙属于同年进士，都是当朝首辅主考官周延儒的弟子。吴昌时崇祯十一年授行人，十二年升为礼部主事，成为复社安排在朝中的一枚重要棋子。其为人贪墨、狡黠而狠毒，热衷权势，人品低下。但是当时复社人士都不了解他的品性，只是觉得此公活动能量很大，虽然官阶不高，却是崇祯末年政局中十分活跃的角色。他极善于钻营投机，奔走权贵政要之间，刺探机密。据载，崇祯十二年到十三年之间，薛国观当政时，吴昌时曾经写密信给张溥，说：
虞山（指钱谦益，常熟别称虞山）毁不用，湛特（文震孟字）相三月即被逐，东南党狱日闻，非阳羡（周延儒宜兴人，古称阳羡）复出，不足弥祸。
吴昌时此信是指，温体仁对钱谦益和文震孟的迫害排挤，周延儒自从被温体仁挤出内阁失势回归乡里后，对倾轧自己的温体仁愤恨不已，对曾与友好的东林诸人颇感惭愧，便主动与复社接触，并声明他如果能够复出，自然对复社有利，毕竟老周是他们这科进士的恩师。因而张溥采纳了吴昌时的建议，利用自己在复社的重要影响力，开始发动在朝在野的复社人士一起努力，促成周延儒的复出。吴昌时施展出浑身解数积极活动，交纳内侍，贿通关节，发挥了关键作用。