九月初六日，命荫昌俟袁世凯到后，即行“回京供职，”以冯国璋统第一军，段祺瑞统第二军，都归袁世凯节制。
九月初七日，清军陷汉口。我军以黄兴为总司令，守汉阳。十月初七日，汉阳陷。而其时各省都次第光复。
只有提督张勋，还在南京负固。于是苏浙两省，联军进攻。十月十二日，南京就克复。——程德全移驻南京。
而停泊镇江九江的海军，亦于二十二、二十五两日，先后反正。
清廷听得陆钟琦死了，以吴禄贞为山西巡抚。禄贞屯兵石家庄，以清兵陷汉口后，纵火焚烧，截留运往战地的军火。禄贞旋于九月十七日遇刺。而驻兵滦州的张绍曾，又发强硬的电报，请清廷立宪。
清廷先已罢盛宣怀，九月初五日。下罪己诏，开党禁。初九日。九月十一日，罢奕劻等，以袁世凯为内阁总理。十三日，宣布十九信条。因其中第八条：“总理大臣，由国会公选，皇帝任命。”第十九条：“第八……条，国会未开以前，资政院适用之。”于是十八日，资政院选袁世凯为总理。摄政王旋退位。
第二节　临时政府的成立和北迁
当南京未克复时，江苏都督程德全，浙江都督汤寿潜，公电沪军都督，提议“请各省各派代表，在上海开一会议”。其资格系：（一）由各省咨议局各举一人，（二）由各省都督府各举一人。有两省以上的代表到沪，即行开议；续到的随到随加入。沪督赞成了。于是以苏浙都督府代表的名义，通电各省，“请即派员到沪，组织临时政府”，并请“公认伍廷芳、温宗尧为临时外交代表”。各省复电，多就近派本已在沪的人为代表，所以代表齐全得很快。九月二十五日，开第一次会议。议决定名为“各省都督府代表联合会”。二十七日，以黎都督亦有通电，请各省派代表到武昌，组织临时政府。议决：“会所以上海为宜”，电请武昌派代表到沪与会。三十日，议决：“以武昌为中央军政府，以鄂军都督执行中央政务。”并请“以中央军政府名义，委任伍廷芳、温宗尧为民国外交总副长”。十月初三日，议决：“各省代表，同赴武昌，组织临时政府。”初四日，又议决：“以一半赴湖北；一半留上海，为通信机关，以便联络声气。”赴湖北的代表，于初十日，在汉口开会。十三日，议决《临时政府组织大纲》二十一条。